工程技術中心設置中心主任1名，主要負責制定中心發展規劃和運營計劃，負責人才引進、新產品設計開發、產學研合作等重大事項的計劃和審批工作；中心下設研發部、工程部和運營部三大職能部門。中心設副主任兩名，協助主任組織開展中心工作，主管研發部和工程部的全面工作。

研發部，主要負責工業信息安全的技術研究以及新產品開發；負責消化吸收國外exida公司在工業控制系統功能安全方面的相關技術，形成具有自主知識產權的產品及技術體系；負責產品功能與質量測試，保證開發產品的質量；確保工業安全技術的研究創新，保持技術先進性。

工程部，負責工控信息安全新產品的驗證和應用、推廣與實施；負責工控功能安全產品與技術體系的驗證和推廣、實施；負責工業信息安全和功能安全領域的用戶培訓。

運營管理部，負責策劃、設計、制定和實施產品推廣方案及市場開拓；負責項目的全過程管理；負責中心財務管理；負責中心行政、人力資源、績效管理；負責相關知識產權管理等工作。

中心組織架構圖：